Die verwendeten Spezialstämme sind so ausgewählt, dass sie den größten Teil des organischen Substrats in CO2 und Wasser umwandeln, während ein kleinerer Anteil in neue Biomasse eingearbeitet wird, im Vergleich zu gewöhnlichen heterotrophen Bakterien, die herkömmliche Belebtschlammsysteme dominieren. Die Produktmikronährstoffe stimulieren die biologische Aktivität innerhalb der Belebtschlammflocken, wo die Sauerstoffdurchdringung begrenzt ist, so dass lokal anoxische/anaerobe Bedingungen vorherrschen, was im Vergleich zu rein aeroben Bedingungen zu einem Abbau der organischen Bestandteile mit verminderter Biomasseertragsproduktion führt. Außerdem kann aufgrund des reichen hydrolytischen Potentials der verwendeten Spezialstämme ein größerer Teil der im Abwasser enthaltenen biologisch schwer abbaubaren Feststoffe – die ohne Umwandlung mit dem primären oder sekundären Überschussschlammstrom entfernt worden wären – durch Anwendung der Bioaugmentationstechnik teilweise oder vollständig hydrolysiert werden, wodurch sie dem biologischen Abbau zugänglich werden, so dass schließlich nur ein Teil in Biofeststoffe umgewandelt wird, während der größte Teil biologisch abgebaut wird. Schließlich sind sie aufgrund des Metabolismus der hinzugefügten Stämme (fakultativ anaerob) in der Lage, unter Sauerstoffbegrenzungsbedingungen (anaerob und anoxisch) zu wachsen, so dass die Verlängerung der nicht belüfteten Zonen im biologischen Hauptreaktor möglich ist, was zu erheblichen Energieeinsparungen führt.
