Η μέθοδος της ενεργού ιλύος, η πλέον διαδεδομένη στην επεξεργασία υγρών αποβλήτων, στηρίζεται στην ανάπτυξη ενός πολύπλοκου οικοσυστήματος μικροοργανισμών, που αποτελείται από πολυάριθμες ομάδες βακτηρίων και ανώτερων μικροβιακών ειδών, οι οποίες βρίσκονται σε μία, συχνά εύθραυστη, πληθυσμιακή ισορροπία. Βασικός στόχος ενός τέτοιου συστήματος είναι αφενός η επίτευξη ικανοποιητικής απόδοσης σε αφαίρεση των ρύπων – στόχων που περιέχονται στα εισερχόμενα λύματα και αφετέρου ο σχηματισμός βιοκροκκίδων με κατάλληλα χαρακτηριστικά καθιζησιμότητας, ώστε στο τελικό στάδιο της δευτεροβάθμιας καθίζησης να λαμβάνει χώρα επαρκής διαχωρισμός στερεών και υπερκείμενου επεξεργασμένου υγρού.
Επομένως, η σύνθεση της βιομάζας διαδραματίζει τον πλέον καθοριστικό ρόλο στην απόδοση του συστήματος ενεργού ιλύος, ενώ τα σημαντικότερα και πλέον δυσεπίλυτα λειτουργικά προβλήματα έχουν συχνά ως αφετηρία τη μη ισορροπημένη ανάπτυξη των διαφορετικών ομάδων μικροοργανισμών.
Ειδικότερα, η υπερβολική ανάπτυξη μιας συγκεκριμένης ομάδας βακτηρίων είναι πιθανό να προκαλέσουν δύο από τα πλέον συνηθισμένα προβλήματα σε εγκαταστάσεις επεξεργασίας λυμάτων, αυτό της διόγκωσης ιλύος (sludge bulking) και, επιπλέον, αυτό της ανάπτυξης ενός μεγάλου στρώματος βιολογικού αφρού στην επιφάνεια των δεξαμενών αερισμού (foaming).