Οι περισσότερες ανεπιθύμητες καταστάσεις σε μία ΕΕΛ (διόγκωση ιλύος, τοξικές επιβολές, υψηλό λειτουργικό κόστος, ανεπαρκής απόδοση κλπ) είναι δυνατό να προληφθούν έγκαιρα ή/και να αρθούν, μέσω προσδιορισμού της ακριβούς ποσότητας και ποιότητας της βιομάζας στους βιολογικούς αντιδραστήρες. Κατά την καταγραφή και αξιολόγηση του λειτουργικού επιπέδου μιας ΕΕΛ, πλέον των αναλύσεων ρουτίνας, σημαντικές πληροφορίες παρέχουν και ορισμένες ειδικές εργαστηριακές δοκιμές, τα πορίσματα των οποίων μπορούν να αξιοποιηθούν για τον εντοπισμό των γενεσιουργών αιτιών των πιθανών αστοχιών στη διαδικασία της βιολογικής επεξεργασίας και για τη συνακόλουθη επαναφορά του συστήματος σε ομαλές λειτουργικές συνθήκες.